Σημαντικά αρχιτεκτονικά μνημεία της περιόδου που σώζονται μέχρι τις μέρες μας είναι και οι πύλες εισόδου προς την πόλη και εξόδου προς την ύπαιθρο του πληθυσμού:
Η πύλη του μόλου για την επικοινωνία με το λιμάνι που γκρέμισαν οι Άγγλοι το 1898, η πύλη του Αγ.Γεωργίου για την επικοινωνία με τις ανατολικές περιοχές της οποίας η διάνοιξη ολοκληρώθηκε το 2000 και παραδόθηκε στην κυκλοφορία των πεζών λίγους μήνες αργότερα, η πύλη Ιησού (γνωστή σαν Καινούρια Πόρτα), για την επικοινωνία με τις νότιες περιοχές, βρίσκεται στο νότιο τμήμα του περιβόλου, και η πύλη του Παντοκράτορα (σήμερα γνωστή ως Χανιόπορτα) για την επικοινωνία με τις δυτικές περιοχές. Εκτός αυτών υπήρχαν και δευτερεύουσες πύλες στρατιωτικού ή άλλου χαρακτήρα.