Ναοί των βυζαντινών χρόνων, της περιόδου της ενετοκρατίας όπως και της μεταγενέστερης εποχής διασώζονται, μέχρι σήμερα, διάσπαρτοι στην πόλη του Ηρακλείου, ο καθένας με τη δική του ιστορία, φανερώνοντας το βαθύ θρησκευτικό αίσθημα των κατοίκων της πόλης στη διάρκεια της ιστορία της. Κάποιες από αυτές όπως ο ναός του Αγίου Μάρκου χρησιμοποιείται σήμερα ως εκθεσιακός χώρος, ενώ στο ναό της Αγίας Αικατερίνης του Σινά εκτίθενται έργα της κρητικής σχολής αγιογραφίας όπως και θρησκευτικά σκεύη και άμφια.