Η ΔΙΕΥΘΥΝΣΗ ΠΟΛΕΟΔΟΜΙΑΣ περιλαμβάνει τις παρακάτω διοικητικές ενότητες:
1. Τμήμα Πολεοδομικών Μελετών
2. Τμήμα Τοπογραφικών − Πολεοδομικών Εφαρμογών & Απαλλοτριώσεων
3. Τμήμα Οικοδομικών Αδειών και Ελέγχου
4. Τμήμα Ελέγχου Κατασκευών
5. Τμήμα Τεχνικού Αρχείου – Μηχανοργάνωσης – Εξυπηρέτησης Πολιτών
Το αντικείμενο της Διεύθυνσης Πολεοδομικών Λειτουργιών περιλαμβάνει τις παρεμβάσεις του Δήμου, για τη βελτίωση της ποιότητας του Πολεοδομικού ιστού της περιοχής Ηρακλείου, της κυκλοφορίας και της αστικής συγκοινωνίας, καθώς και της ποιότητας των οικοδομών της πόλης, σύμφωνα και με τις γενικότερα ισχύουσες προδιαγραφές που θεσπίζει η πολιτεία (Γ.Ο.Κ. κ.λπ.)