Ο Δήμος Ηρακλείου, όπως και όλοι οι Δήμοι και Κοινότητες της χώρας μας λειτουργούσε μέχρι 31/12/2010 βάσει του Νόμου 3463/2006 "Κύρωση του Κώδικα Δήμων και Κοινοτήτων" όπως δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ 114 της 8ης Ιουνίου 2006.

Από την 1η Ιανουαρίου 2011 λειτουργεί βάσει του Νόμου 3852/2010 "Νέα Αρχιτεκτονική της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης − Πρόγραμμα Καλλικράτης".

Στις 19 Ιουλίου του 2018, δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ ο Ν.4555/2019 για τη μεταρρύθμιση του θεσμικού πλαισίου της Τοπικής Αυτοδιοίκησης - Εμβάθυνση της Δημοκρατίας - Ενίσχυση της Συμμετοχής - Βελτίωση της αναπτυξιακής λειτουργίας των Ο.Τ.Α. (πρόγραμμα «ΚΛΕΙΣΘΕΝΗΣ Ι»).

Ο Οργανισμός Εσωτερικής Υπηρεσίας του Δήμου Ηρακλείου, ψηφίστηκε με την υπ’ αριθμ. 436/2011 απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου και δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 2122/2011.