Από την 1η Ιανουαρίου 2011, σύμφωνα με τον Νόμο 3852/2010 περί "Νέας Αρχιτεκτονικής της Αυτοδιοίκησης και της Αποκεντρωμένης Διοίκησης − Πρόγραμμα Καλλικράτης" ο Δήμος Ηρακλείου με έδρα το Ηράκλειο και ιστορική έδρα τη Νέα Αλικαρνασσό αποτελείται από τους δήμους α. Ηρακλείου β. Γοργολαΐνη γ. Τεμένους δ. Παλιανής και ε. Νέας Αλικαρνασσού (βλέπε χάρτη).

Οι υπηρεσίες του Δήμου Ηρακλείου σύμφωνα με τον Οργανισμό Εσωτερικής Υπηρεσίας του όπως αυτός ψηφίσθηκε με την υπ’ αριθμ. 436/2011 απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου (ΦΕΚ 2122/2011) διακρίνονται στις Κεντρικές Υπηρεσίες, που είναι εγκατεστημένες στην έδρα του Δήμου, και στις Αποκεντρωμένες Υπηρεσίες που είναι εγκατεστημένες στην έδρα δημοτικών ενοτήτων, εξυπηρετούν τις δημοτικές/τοπικές κοινότητες της ενότητας και περιλαμβάνουν υπηρεσίες οι οποίες υπάγονται διοικητικά σε αντίστοιχες μονάδες των Κεντρικών Υπηρεσιών του Δήμου.

Οι Υπηρεσίες περιλαμβάνουν οργανικές μονάδες ομαδοποιημένες σε ενότητες συναφούς σκοπού και αντικειμένου. Αναλυτικά η διάρθρωση και οι αρμοδιότητες των υπηρεσιών στον υπερσύνδεσμο Υπηρεσίες.

Οι υπάλληλοι που απασχολούνται με οποιαδήποτε σχέση εργασίας στο Δήμο Ηρακλείου είναι 1217.

Αναλυτικότερα:

788 Μόνιμοι Υπάλληλοι
247 Υπάλληλοι Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου
120 Υπάλληλοι Ιδιωτικού Δικαίου Ορισμένου Χρόνου
  41 Μέλη Δημοτικής Φιλαρμονικής
  12 Μέλη Μικτής Δημοτικής Χορωδίας
  9 Μέλη Βυζαντινής Χορωδίας

Επειδή ο Δήμος Ηρακλείου δεν έχει ένα ενιαίο κτίριο για να στεγάσει όλες τις υπηρεσίες του, το ανώτερο προσωπικό εργάζεται σε διάφορους χώρους.
Οι χώροι εργασίας είναι οι εξής:

• Το Κεντρικό Κτήριο (Λότζια) στην Αγίου Τίτου 1
• Το Δημοτικό Κτήριο της οδού Ανδρόγεω 2
• Το Δημοτικό Κτήριο της Πλατείας Δασκαλογιάννη
• Το Δημοτικό Κτήριο στα Αχτάρικα
• Το Κτήριο της Παλιάς Λαχαναγοράς (στην παραλιακή λεωφόρο)
• Το Κτήριο του πρώην Δήμου Αλικαρνασσού
• Τα Δημοτικά Σφαγεία
• Τα δύο (2) δημοτικά Νεκροταφεία
• Το Δημοτικό Κτήριο της Μάνδρας κοντά στο Αεροδρόμιο
• Τα Δημοτικά γραφεία της οδού Μίνωος
• Τα Δημοτικά γραφεία στις Εργατικές Κατοικίες Μπεντεβή και
• Τα Κτήρια που στεγάζουν τα Επτά (7) ΚΑΠΗ του Δήμου Ηρακλείου.

Επίσης τα παρακάτω κτίρια στεγάζουν υπηρεσίες του Δήμου:

• Δημοτολόγιο - Ληξιαρχείο, Εθνικής Αντιστάσεως 158
• Βικελαία Βιβλιοθήκη, Ταξιάρχου Μαρκοπούλου 46 (παραπλεύρως εκκλησίας Αγίου Ματθαίου) και Χορτατσών & Κυδωνίας 23.